Dzigar Kongtrül Rinpoche syntyi tiibetiläiseen aatelisperheeseen pohjois-Intiasssa. Hänen isänsä oli suuren tertön Chogyur Lingpan inkarnaatio, ja Rinpochen ensimmäinen opettaja, hänen äitinsä, oli suuresti arvostettu harjoittaja, joka oli suorittanut kolmetoista vuotta kestäneen erakkoretriitin ennen avioitumistaan, ja jatkoi neljän päivittäisen harjoituskerran noudattamista sen jälkeenkin, samalla kun kasvatti viisi lasta. Kyabje Dilgo Khyentse Rinpoche ja 16 Gyalwang Karmapa tunnistivat Rinpochen Jamgön Kongtrül Lodrö Thayen inkarnaatioksi hänen ollessaan kuuden vuoden ikäinen. Rinpoche sai syvällisen koulutuksen kaikkiin buddhalaisen opin alueisiin kun hänet kasvatettiin luostariympäristössä. Erityisesti hän vastaanotti Nyingma-oppijatkumon opetukset juuriopettajaltaan H.H. Dilgo Khyentse Rinpochelta. Niinikään Rinpoche opiskeli laajasti Tulku Urgyen Rinpochen, Nyöshul Khen Rinpochen sekä suuren oppineen Khenpo Rinchenin johdolla.
Vuonna 1989 Rinpoche perheineen muutti Yhdysvaltoihin, ja 1990 hän aloitti viisivuotisessa virassa buddhalaisen filosofian professorina Naropa-instituutissa. Sinä aikana Rinpoche perusti Mangala Shri Bhutin, organisaation jonka tarkoitus on edistää Buddhadharman Nyingma-oppijatkumon opiskelua ja harjoittamista lännessä, ja erityisesti Rimé-traditiota, johon Rinpochella on läheinen suhde. Rinpoche on kahden kirjan tekijä: It's Up to You; The Practice of Self-Reflection on the Buddhist Path, sekä vastikään ilmestyneen Light Comes Through: Buddhist Teachings on Awakening to Our Natural Intelligence. Hän on myös innokas abstrakti-ekspressionistisen suuntauksen taidemaalari sekä kunnianhimoinen valokuvaaja matkaillessaan. Rinpoche matkustelee laajalti pitkin maailmaa opettaen ja edistäen omia opintojaan.
