Viron Suomen-instituutti on toiminut Helsingissä syyskuusta 1995. Sen kattojärjestönä on Eesti Instituut Tallinnassa. Viron Suomen-instituutti on ensimmäinen Viron ulkomaille perustama kulttuuriedustusto. Instituutin toimitilat ovat Mariankadulla vuonna 1998 avatussa Baltia-keskuksessa. Johtajan lisäksi instituutissa työskentelee yksi kulttuurisihteeri. Viron Suomen-instituutin pääasiallisena tehtävänä on virolaisen kulttuurin ja Viron kulttuuripolitiikan tunnetuksi tekeminen Suomessa sekä maittemme kulttuurisuhteiden kaikkinainen edistäminen. Instituutti panostaa erityisesti nuorten keskuudessa tehtävään työhön tarjoten mm. tietopaketteja kouluille ja tietoja opiskelumahdollisuuksista Virossa. Lisäksi instituutti pyrkii palvelemaan Suomessa asuvia virolaisia. Instituutti tekee yhteistyötä Viron ja Suomen kulttuuri- ja opetusministeriöiden sekä molempien maiden kulttuuri- ja koulutusalan järjestöjen ja laitosten kanssa.